Encontrei a causa do problema.
Dentro do programa /XNFE/COLLECT_BATCH, dentro do Form PROCESS_BATCH há uma verificação da diferença de tempo entre a data e hora de criação da NF e a data da execução do programa, para depois comparar com o tempo máximo na tabela /XNFE/BATCUS, campo MAXTIME. Como esta tabela é exatamente os dados da aba 'Dados Mestre' do Monitor do GRC, verifiquei que estava setado o tempo máximo de 200mil segundos, fazendo com que a diferença dos períodos anteriores sempre fosse menor que os 200mil seg. estipulados. Após eu ter alterado o MAXTIME para 5 segundos, executei o /XNFE/COLLECT_BATCH novamente e as notas foram enviadas.
Jose Nunes, agradeço sua ajuda!